在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院。骨科、药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科（整形外科）、运动医学科等二十个学科入选国家临床重点专科建设项目。
北医三院拥有国内很强的脊柱外科和大陆成立早、亚洲很大的生殖医学中心之一，大陆首例试管婴儿在此诞生。运动医学研究所是早成立、国内单独的奥委会指定运动员伤病防治中心。眼科在眼外伤及眼科疑难重症的诊治方面处于国内先进水平；消化科在溃疡病发病机制研究及诊治、早期胃癌的诊疗等领域居国内前列；心血管内科在冠心病介入诊治、急性心肌梗死“绿色通道”及临床与基础协调发展等方面居国内优异水平；成形科、职业病科是国内率先成立的临床特色学科。
十余年来，北医三院门、急诊量始终居北京市各大医院前列。2013年，年门急诊量达382万余人次，年出院患者7.9万余人次，年手术量达4.8万余例次，平均住院日为6.37天，各项主要管理指标达先进水平，多次受到卫生部和北京市卫生局的表彰。在北医三院住院患者中，三分之一以上是来自全国各地的疑难杂症患者。

北医三院拥有16个北京市专科医师培训基地、11个卫生部亚专科医师培训基地、5个北京市住院医师规范化培训技能考核中心和6个卫生部内镜诊疗技术培训基地。作为北京大学临床医学院，每年1000余名医学生、300余名博士生、硕士生在此进入临床学习。同时，还承担着千余名进修医生和200多名北京市住院医师规范化培训任务。每年40个左右的高标准继续教育项目吸引了全国各地3000余名学员。北医三院拥有骨科、运动医学研究所、妇产科3个教育部创新团队；拥有、心血管研究所和眼科3个教育部重点实验室，心血管内科卫生部重点实验室；目前，57人次任主要系列学术兼职（二级分会主委或副主委），涉及22个科室；18人次在科技论文统计源期刊收录杂志任主编或副主编，涉及10个科室（2008年以来）。北医三院以强烈的社会责任感积极投身公立医院改革。近年来不断提高管理水平，参与多个高标准重大项目和课题的研究，取得成果被政府相关管理部门所采纳。在临床路径、贴心服务护理工程、对口支援、医联体建设等方面发挥了高标准医院的作用。同时，医院还承担着国家重大活动的医疗保障工作，承担着重大突发事件的医疗救援任务。近年来，出色完成了北京奥运会、建国六十周年庆典、抗震救灾、历次全国“两会”等各项医疗保障任务。医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体，全国医药卫生系统创先争优活动先进集体；被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号。被卫生部评为2010年全国好的护理服务考核优秀医院，荣获卫生部全国公立医院“2011年度医院改革创新奖”。继2010年“建立科学的医院预算管理体系，提高医院管理水平”项目荣获医院协会首届“医院创新科技奖”三等奖后，2013年，“住院医师临床培训与考核过程的精致化管理”项目荣获医院协会医院科技创新奖三等奖，移动护理项目获医院协会“英特尔杯移动好应用—优佳效果奖”，“诊断相关组与定额支付在医疗保险支付的应用”项目获北京医院协会颁发的2013年度“优秀医院管理科研成果”奖。神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“高标准青年文明号”荣誉称号。2012年初，北医三院新门急诊楼、运动医学楼正式投入使用，彻底改善了医院门急诊和住院患者的就医环境。标志着我院历经10余年的整体改扩建工程取得决定性成果。拥有50余年历史的北医三院，积淀历久弥新的医院文化，充满朝气与活力。全体北医三院人将继续秉承“团结、奉献、求实、创新”的院训精神，以精湛的医术和高度的责任感承载生命的重托，为建设“高标准医疗中心、高水平的疑难重症诊治及医疗指导中心、高水平的国家临床医学研究和高水平的临床医生培养基地”而努力奋斗！